Синодальная библиотека и архив появились в Санкт-Петербурге с образованием по приказу Петра I Святейшего Синода в 1721 году. Деятельность типографии началась уже в 1711 году. Коллекция рукописей XIV–XIX веков образована поступлениями из монастырей и церквей, библиотек, из книг, изъятых у старообрядцев, а также не получивших одобрения духовной цензуры. В нее входят богослужебные книги, четьи, исторические тексты, описания церквей и закрытых в 1763 году монастырей, а также другие материалы. В 1839 году архив Синода выделен в особое учреждение. В 1873 году в ведение начальника архива передана библиотека Синода. 1 июня 1918 года архив Синода вошёл в состав Единого государственного архивного фонда. Ныне эти материалы, включая библиотеку, хранятся в Российском государственном историческом архиве. Рукописные книги, большей частью описанные А. И. Никольским, образуют отдельный фонд 834. Электронные копии ряда документов представлены в фондах Президентской библиотеки.
Патриаршая библиотека восходит к митрополичьей «книжной казне», но достоверно связанные со святителями XIV–XV веков рукописи сохранились в основном в различных монастырских собраниях, в том числе кремлёвских. Основной фонд рукописей XI–XIV веков Патриаршей библиотеки – результат целенаправленного вывоза книг, прежде всего из Новгорода и Пскова, лучше всего сохранивших древнюю книжность. Библиотека содержала славянские и греческие рукописи и старопечатные книги. С 1920 года Синодальная (Патриаршая) библиотека хранится в Государственном историческом музее. Небольшая часть русских рукописей и старопечатных книг в 1854 году была передана в Московскую духовную академию и сейчас входит в состав Российской государственной библиотеки (фонд 272).